将关联公司的进口增值税抵扣掉意味着将进口货物的增值税从应纳税额中减去。这通常是通过在进口货物的发票上提取增值税的抵扣金额来实现的。

具体操作步骤如下：

1. 确认关联公司的进口货物是符合抵扣条件的，即用于企业生产经营活动的货物。

2. 在进口货物的发票上，查看增值税的具体金额。

3. 将增值税的金额记录在企业的进项税额账户中，作为待抵扣的金额。

4. 在企业的销项税额账户中确认销售额和销项税额。

5. 在纳税申报时，将待抵扣的进项税额与销项税额进行相减，计算出应纳税额。

6. 将应纳税额缴纳给税务机关。

需要注意的是，抵扣的进口增值税必须符合相关法律法规的规定，且企业需要保存好所有与进口货物相关的发票和其他相关文件，以备税务机关的查验。

如果在抵扣过程中有任何疑问或问题，建议咨询专业的税务顾问或税务机关进行进一步的指导和解答。